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使用剪刀、刀片、牙签、镊子等，将渣样物、钙化物或者腐烂物清理干净。清理时需注意，尽量仔细小心，不要伤及未腐坏的骨板。对于已经坏死干枯的甲壳，建议使用剪刀直接剪除，避免影响上药。
清理干净之后，建议使用5%聚维酮碘溶液将患处消毒，在消毒后可以选择使用红（金）霉素软（眼）膏、百多邦软）霉素软（眼）膏、百多邦软膏、青霉素粉剂等涂在患处。
腐甲简单来说就是龟龟的甲壳失去活性并腐烂。而大多数情况是，龟龟并非一开始就腐甲，而是由于病原微生物的侵袭，造成了甲壳感染。甲壳感染严重后，肉眼可见龟龟的甲片和背甲之间不再贴合，失去活性，同时，甲壳腐烂，伴有恶臭味，即为腐甲。
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